Причём там файловая система осталась от предыдущих экспериментов с FatFs - я подключил накопитель и увидел те старые файлики.
Реализация сделана самым прямолинейным способом, без каких-либо приёмов оптимизации алгоритма. Кроме того, сама флэшка так устроена, что перед записью блока страниц этот блок надо очистить, процесс это небыстрый и тут особо не наоптимизируешь - скорость записи получилась всего-то около 62 кБ/с.
А щас надо будет заново написать функцию заливки битстрима в ПЛИС, чтобы всё было в высшей степени научно.