У моноплакофор сильно выражена метамерия многих органов, как внешних, так и внутренних. Мантийная борозда содержит от трёх до шести пар перистых первичных жабр — ктенидиев. Имеется 3—6 пар почек, 2—4 пары половых желёз, до восьми пар мышц-ретракторов, прижимающих раковину к субстрату. Сердце состоит из пары желудочков и двух пар предсердий. Перикард парный. Нервная система стволового типа (как у панцирных моллюсков), две пары продольных нервных стволов (латеральные и вентральные) соединены между собой перемычками. Передние их концы соединяются с окологлоточным нервным кольцом, на котором расположены три пары ганглиев (церебральные, буккальные и субрадулярные), задние соединяются позади анального отверстия или над ним. Есть парный статоцист — орган равновесия.
